MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus plasmid pCS1

Total Repeats: 230

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010399	CGG	2	6	1459	1464	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_010399	GAC	2	6	1493	1498	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_010399	CT	3	6	1518	1523	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
4	NC_010399	CAGA	2	8	1556	1563	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
5	NC_010399	GCG	2	6	1593	1598	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_010399	G	6	6	1604	1609	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
7	NC_010399	AG	3	6	1618	1623	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
8	NC_010399	GA	4	8	1631	1638	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_010399	AGAT	2	8	1642	1649	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
10	NC_010399	CAA	3	9	1659	1667	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_010399	AAGA	2	8	1668	1675	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
12	NC_010399	GGT	2	6	1688	1693	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_010399	GTG	2	6	1739	1744	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_010399	TCG	2	6	1842	1847	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_010399	C	6	6	1859	1864	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
16	NC_010399	TCG	2	6	1865	1870	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_010399	C	6	6	1882	1887	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
18	NC_010399	GGCT	2	8	1923	1930	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
19	NC_010399	CCGTCG	2	12	1947	1958	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
20	NC_010399	TCTCG	2	10	2713	2722	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
21	NC_010399	CGG	2	6	2791	2796	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_010399	CGA	2	6	2801	2806	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_010399	CAGC	2	8	2823	2830	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
24	NC_010399	CGGC	2	8	2840	2847	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
25	NC_010399	CCG	2	6	2895	2900	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
26	NC_010399	C	6	6	2908	2913	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
27	NC_010399	ACC	2	6	2949	2954	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
28	NC_010399	GCAGC	2	10	3053	3062	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
29	NC_010399	CGA	2	6	3114	3119	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_010399	CTTGC	2	10	3153	3162	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
31	NC_010399	TG	3	6	3929	3934	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
32	NC_010399	GTAC	2	8	3942	3949	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
33	NC_010399	TCC	2	6	7515	7520	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
34	NC_010399	CCG	2	6	7559	7564	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
35	NC_010399	GCC	2	6	7602	7607	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
36	NC_010399	G	6	6	7711	7716	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
37	NC_010399	GCA	2	6	7728	7733	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_010399	GC	3	6	9006	9011	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
39	NC_010399	CGG	2	6	14795	14800	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_010399	GGAA	2	8	17658	17665	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
41	NC_010399	CCT	2	6	19215	19220	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
42	NC_010399	TGAAC	2	10	19230	19239	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
43	NC_010399	AGG	2	6	19254	19259	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_010399	GCA	2	6	19340	19345	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_010399	CGC	2	6	19354	19359	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
46	NC_010399	CGA	3	9	19375	19383	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_010399	CCG	2	6	19385	19390	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
48	NC_010399	CGA	2	6	20230	20235	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_010399	GC	3	6	20249	20254	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
50	NC_010399	AGTT	2	8	20259	20266	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
51	NC_010399	GA	3	6	21599	21604	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
52	NC_010399	CGAG	2	8	21606	21613	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
53	NC_010399	CTG	2	6	21656	21661	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_010399	TCG	3	9	22270	22278	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_010399	GTG	2	6	22306	22311	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
56	NC_010399	CCGA	2	8	22346	22353	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
57	NC_010399	AGC	2	6	22558	22563	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_010399	GTCGG	2	10	22567	22576	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
59	NC_010399	ACGCC	2	10	22607	22616	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
60	NC_010399	GGC	2	6	22624	22629	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_010399	TCG	2	6	22634	22639	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_010399	CCT	2	6	22831	22836	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
63	NC_010399	GTTCA	2	10	22851	22860	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
64	NC_010399	AGG	2	6	22870	22875	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_010399	GATCC	2	10	23857	23866	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
66	NC_010399	GCG	2	6	23880	23885	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_010399	GTCG	2	8	23920	23927	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
68	NC_010399	CATG	2	8	23959	23966	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
69	NC_010399	C	7	7	23982	23988	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
70	NC_010399	CG	3	6	24024	24029	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
71	NC_010399	ACG	2	6	24045	24050	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_010399	GGT	2	6	24057	24062	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
73	NC_010399	GGGA	2	8	24066	24073	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
74	NC_010399	CAGT	2	8	24098	24105	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
75	NC_010399	AGC	2	6	24125	24130	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_010399	TGC	2	6	24147	24152	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_010399	GTC	2	6	24454	24459	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_010399	GCT	2	6	24510	24515	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_010399	CGG	2	6	24520	24525	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_010399	CGG	2	6	24532	24537	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_010399	GATA	2	8	24595	24602	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
82	NC_010399	GGC	2	6	24618	24623	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_010399	CGA	2	6	25323	25328	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_010399	GCC	3	9	25361	25369	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
85	NC_010399	CGC	2	6	25577	25582	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
86	NC_010399	GCTCG	2	10	25687	25696	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
87	NC_010399	G	7	7	25732	25738	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
88	NC_010399	ACT	2	6	25766	25771	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_010399	TAC	3	9	25803	25811	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_010399	CG	3	6	25859	25864	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
91	NC_010399	TCA	2	6	25923	25928	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_010399	TCG	2	6	25929	25934	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_010399	CGG	2	6	26920	26925	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_010399	TCG	2	6	26959	26964	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_010399	GGC	2	6	27032	27037	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_010399	CGG	2	6	27044	27049	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_010399	GAA	2	6	27699	27704	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
98	NC_010399	TGC	2	6	27734	27739	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_010399	CCGC	2	8	27740	27747	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
100	NC_010399	GTCG	2	8	27781	27788	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
101	NC_010399	AAC	2	6	27858	27863	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_010399	CGAT	2	8	27867	27874	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
103	NC_010399	TTC	2	6	29038	29043	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_010399	CGG	2	6	29049	29054	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_010399	TCC	2	6	29270	29275	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
106	NC_010399	CGTG	2	8	29330	29337	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
107	NC_010399	GC	3	6	29361	29366	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
108	NC_010399	CGC	2	6	29474	29479	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
109	NC_010399	GCCC	2	8	29480	29487	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
110	NC_010399	GC	3	6	29488	29493	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
111	NC_010399	CCGC	5	20	29494	29513	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
112	NC_010399	TCGCC	2	10	29526	29535	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
113	NC_010399	ACTGC	2	10	29615	29624	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
114	NC_010399	TCC	2	6	30652	30657	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
115	NC_010399	GGT	2	6	30707	30712	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_010399	GCC	2	6	31449	31454	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
117	NC_010399	GC	3	6	31473	31478	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
118	NC_010399	CT	3	6	31491	31496	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
119	NC_010399	GGT	2	6	31799	31804	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
120	NC_010399	CAA	2	6	32316	32321	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_010399	CTC	2	6	32336	32341	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
122	NC_010399	CT	3	6	33744	33749	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
123	NC_010399	CGG	2	6	34072	34077	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_010399	GAC	2	6	34084	34089	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_010399	GCCG	2	8	34963	34970	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
126	NC_010399	CG	3	6	34969	34974	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
127	NC_010399	CGC	2	6	35035	35040	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
128	NC_010399	CCG	2	6	35127	35132	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
129	NC_010399	CGA	2	6	35172	35177	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_010399	CAC	2	6	35188	35193	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
131	NC_010399	GCG	2	6	35380	35385	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_010399	CGT	2	6	35407	35412	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_010399	CGG	2	6	35429	35434	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_010399	CCG	3	9	35486	35494	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
135	NC_010399	CTC	2	6	35496	35501	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
136	NC_010399	TC	3	6	35550	35555	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
137	NC_010399	A	6	6	35620	35625	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_010399	GCCCC	2	10	37223	37232	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
139	NC_010399	CAC	2	6	37240	37245	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
140	NC_010399	GCC	2	6	37247	37252	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
141	NC_010399	GAC	2	6	37825	37830	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_010399	CCG	2	6	37847	37852	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
143	NC_010399	GCC	2	6	37859	37864	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
144	NC_010399	GGA	2	6	37903	37908	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
145	NC_010399	GTG	2	6	37913	37918	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
146	NC_010399	CGC	2	6	37919	37924	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
147	NC_010399	GGC	2	6	37927	37932	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
148	NC_010399	GC	4	8	37931	37938	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
149	NC_010399	TCGCT	2	10	37955	37964	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
150	NC_010399	CGGC	2	8	38044	38051	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
151	NC_010399	GCC	2	6	38070	38075	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
152	NC_010399	CTC	2	6	38078	38083	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
153	NC_010399	TCGCT	2	10	38103	38112	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
154	NC_010399	CT	3	6	38132	38137	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
155	NC_010399	GAG	3	9	38211	38219	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
156	NC_010399	GA	3	6	38223	38228	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
157	NC_010399	CCGG	2	8	39144	39151	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
158	NC_010399	CCGG	2	8	39163	39170	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
159	NC_010399	GGCA	2	8	39254	39261	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
160	NC_010399	CGA	2	6	39263	39268	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
161	NC_010399	GCC	2	6	39287	39292	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
162	NC_010399	C	6	6	39371	39376	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
163	NC_010399	A	6	6	39556	39561	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
164	NC_010399	TA	3	6	39605	39610	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
165	NC_010399	CGA	2	6	39633	39638	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
166	NC_010399	TCT	2	6	39777	39782	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
167	NC_010399	CCA	2	6	41971	41976	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
168	NC_010399	CG	4	8	42026	42033	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
169	NC_010399	TGC	2	6	42539	42544	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
170	NC_010399	CCACG	2	10	42550	42559	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
171	NC_010399	GC	3	6	42744	42749	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
172	NC_010399	TCG	2	6	42818	42823	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
173	NC_010399	TCGA	2	8	42826	42833	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
174	NC_010399	TCG	2	6	42854	42859	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
175	NC_010399	TGGG	2	8	42914	42921	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
176	NC_010399	TGCG	2	8	42961	42968	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
177	NC_010399	ATCGC	3	15	42999	43013	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
178	NC_010399	TC	3	6	43040	43045	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
179	NC_010399	GAT	2	6	43057	43062	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
180	NC_010399	GGC	2	6	43085	43090	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
181	NC_010399	CTG	2	6	43115	43120	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
182	NC_010399	GCCT	2	8	43302	43309	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
183	NC_010399	GCC	2	6	43312	43317	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
184	NC_010399	CG	3	6	45458	45463	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
185	NC_010399	CGC	2	6	45469	45474	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
186	NC_010399	CTG	2	6	45481	45486	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
187	NC_010399	CTT	2	6	45530	45535	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
188	NC_010399	CTG	2	6	45630	45635	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
189	NC_010399	CGA	2	6	45675	45680	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
190	NC_010399	CGC	2	6	46654	46659	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
191	NC_010399	CTT	2	6	46706	46711	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
192	NC_010399	CGC	2	6	46747	46752	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
193	NC_010399	TCG	2	6	46820	46825	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
194	NC_010399	TCG	2	6	46858	46863	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
195	NC_010399	CG	3	6	46868	46873	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
196	NC_010399	CAG	2	6	46887	46892	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
197	NC_010399	TCA	2	6	46909	46914	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
198	NC_010399	CCCG	2	8	46916	46923	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
199	NC_010399	TGC	2	6	46929	46934	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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208	NC_010399	GGCT	2	8	48879	48886	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
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212	NC_010399	CG	3	6	49123	49128	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
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229	NC_010399	TGCCGG	2	12	50292	50303	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
230	NC_010399	CGG	2	6	50340	50345	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.